11.prosince 1981 salvadorské jednotky zavraždily ve vesnici El Mozote všechny obyvatele až na dva – celkem 372 civilistů. Vládní zdroje i oficiální dokumenty publikované Spojenými státy tvrdily, že šlo o operaci proti rebelům. Exhumace těl obětí ale ukázala, že polovina z nich byly děti pod 14 let a že všechny ženy a dívky byly před smrtí znásilněny. Nebylo vzneseno žádné obvinění, tím méně pak dokončeno vyšetřování.
Vláda amerického prezidenta Ronalda Reagana dění v Salvadoru prezentovala jako součást globálního soupeření Východu a Západu, v němž byla podpora salvadorského režimu ze strany USA obhajována jako národní sebeobrana a morální povinnost. Do Salvadoru plynuly značné finanční prostředky z USA i Američany ovládaného Mezinárodního měnového fondu a Světové banky.
Občanská válka v Salvadoru zuřila od sedmdesátých let. Boj s guerrillami byl veden jako regulérní válka, a to s otevřenou podporou USA, proti čemuž protestovala v roce 1980 rezoluce OSN. Vůči civilnímu obyvatelstvu zakročovala také tajná policie a vládou a bohatými soukromníky financované polovojenské síly ORDEN, založené v roce 1968. Oblíbeným nástrojem boje s opozicí a zastrašováním se stalo znásilňování.
Těla znásilněných žen a dívek byla ponechávána na veřejných prostranstvích, s vyloupanýma očima, usekanými končetinami a rozstřílenými obličeji. Řada prominentních opozičních představitelů byla veřejně „popravena“, tak jako únoru 1980 generální prokurátor Mario Zamora a v březnu téhož roku salvadorský arcibiskup Óskar Romero.
Romero krátce před svou smrtí podal oficiální protest proti vojenské pomoci Spojených států salvadorské vládě a v rozhlase pravidelně zveřejňoval jména nových obětí represí, včetně těch, jejichž zatčení nebo smrt vláda popírala. Byl zastřelen v okamžiku, kdy celebroval mši – vražda se nikdy nedostala před soud. Během jeho pohřbu pak policie zahájila palbu do davu a zabila nejméně 30 osob, další desítky zemřely ušlapáním v nastalé panice.
Navzdory velmi úzkým vazbám salvadorské vlády na Spojené státy se přitom násilí nezastavilo ani před církevními pracovníky pocházejícími z této země. Koncem roku 1980 byly znásilněny a následně zavražděny čtyři příslušnice komunity Maryknoll z USA, která se dlouhodobě věnovala zdravotnické a vzdělávací činnosti ve třetím světě. Tyto vraždy vyvolaly v USA velký ohlas, příbuzní žen požadovali vyšetřování a potrestání viníků, prezident Ronald Reagan, však po svém nástupu do funkce veřejně prohlásil, že nebyly jen humanitárními pracovnicemi, ale aktivně pomáhaly geurrillám. Tento výrok amerického prezidenta se dostává do zajímavého světla v porovnání s pozdějším vyšetřování, které prokázalo, že vražda a znásilnění katolických sestřiček bylo kriminálním činem a nikoliv politickým.
Vládní represe měly za následek spojení umírněné i radikální opozice a levicové a centristické politické strany spolu s občanskými iniciativami, náboženskými organizacemi, odbory a rolnickými spolky se sjednotily do Revoluční demokratické fronty. Dále pokračovaly ozbrojené útoky na kasárna nebo vládní úřady, ale i stávky a protesty v ulicích. Vláda odpovídala vraždami a únosy kritiků vlády, plošným bombardování oblastí, kde operovaly guerrilly a samozřejmě i pozemními útoky.
V roce 1988 disponovali guerrilleros již více něž deseti tisíci bojovníky a dařilo se jim přenášet boj z venkova do měst. Jen díky masivní materiální a logistické podpoře od Spojených států s nimi vláda dokázala držet krok. Bylo zřejmé, že vítězství ani jedné, ani druhé strany není možné. Přesto boje pokračovaly. Na konci roku 1989 guerrilleros zaútočili na hlavní město. Přestože byly geurrilly odraženy od prezidentského paláce, povedlo se jim nakrátko obsadit bohaté rezidenční čtvrti. Odpovědí byly další vraždy civilistů.
V listopadu 1989 bylo přímo v prostorách Středoamerické univerzity v San Salvadoru zavražděno vládními jednotkami šest jezuitských kněží, mezi nimi i rektor univerzity, a dvě civilní zaměstnankyně. Z této univerzity se rekrutovalo velké množství sociálně aktivních kněží a odpůrců pravicového režimu. Nicméně po tomto útoku se salvadorská vláda i její věrný spojenec Spojené státy, nyní vedené pokračovatelem Reaganovi politiky Georgem Bushem st. ocitli pod extrémním domácím i mezinárodním tlakem a začalo jednání o míru.
Válka v Salvadoru skončila 13. prosince 1993, guerrilly složily zbraně a přetvořily v politické strany, vládní eskadry smrti byly rozpuštěny a armáda reformována. Byla jmenována „komise pravdy“, jež měla vyšetřovat zločiny občanské války. Vzápětí po zveřejnění výsledků vyšetřování, které konstatovaly, že 90% všech zločinů bylo spácháno příslušníky vládních sil, byla vyhlášena všeobecná amnestie.